基督教与天主教分开已有480多年的历史了，的确，天主教与基督教在三位一体的神，耶稣基督的身份等信仰对象上都一致（把神翻译成“天主”一词是名称上的不同），也是相信一本《圣经》（虽然他们多承认几卷我们认为是两约间犹太人的“次经”的书为正典，但这问题还不是根本的），他们也承认使徒信经和尼西亚信经等早期教会对信仰的表达，但为什么会有那么大的分别呢？当初马丁·路德针对天主教存在的问题提出改教立场，那就是“三个‘惟独’”——惟独信心，惟独恩典，惟独《圣经》。这涉及到几个原则性的差别，在具体上可概括为以下几点：

1．在对救恩的立场上，基督教认为一个人的信心是获得拯救的关键，如《圣经》说“信的人有永生”，（参约 6:47）“义人必因信得生”。（参罗 1:17）神的恩典是白白赐给人的，人永远无法用自己的功德去交换、获取。

2．在对《圣经》的看法上，尽管天主教也承认《圣经》是出于神的默示，但事实上，天主教把教会和传统两者的权威看得过高，也就是说历代的教会会议决定的信条、信经等，都具有与《圣经》相似的权威。但对基督徒而言，《圣经》的权威是独一无二的。教会和传统必须从属于《圣经》。

3．在对教会的看法上，他们认为主耶稣把天国的钥匙交给了彼得，教会也建立在他这一磐石上，而教皇就是彼得的接班人，其权威可想而知。但基督徒认为主耶稣所指的，是彼得所承认的耶稣是“基督，是永生神的儿子”的这一宣告，（参太 16:16）彼得作为人怎么可能成为教会的根基呢？当中世纪天主教把教权和世俗的权柄集中于一身时，这种定位带来可怕的腐败结果，也就不希奇了。

4．在对马利亚的看法上，他们把她尊崇为基督与人的中保地位，向她祷告，并一再宣告她也是无罪性的，后来更宣称她未经死升天。而基督徒认为这些都越过了《圣经》的教训，只有基督才是唯一的中保。（参提前 2:5）

5．对所谓炼狱的看法上，他们认为人死后没有条件升入天堂的，要经过炼狱，这期间通过教会的祈祷可以使这一过程缩短。但在基督徒强调，得救在于悔改重生，是个人与生命的主发生的关系。炼狱没有《圣经》根据，是对基督救赎功劳的否定，也与宗教“超度”相似。

其他如对圣餐的看法，拜雕塑的圣徒以及遗物、教皇无误、朝圣进香、神职人员独身等立场和做法，都与我们存在很大差异。因此还不能简单地把它当作一个宗派。